Projekty mohou být financovány či spolufinancovány z veřejných zdrojů, a to účelovým financováním z rozpočtové kapitoly poskytovatele, z ostatních veřejných zdrojů a neveřejných zdrojů financování (zahraniční zdroje, neveřejné tuzemské zdroje). V praxi se nejčastěji jedná o financování formou dotací z operačních programů, účelových dotací z dotačních programů jednotlivých resortů a finančních příspěvků jejich fondů, finančních příspěvků ústředních orgánů státní správy, základních a vyšších územních samosprávných celků, grantů od státních agentur, nebo příspěvků z nadací a nadačních fondů a soukromých subjektů.

Výzkum je v České republice financován z veřejných zdrojů prostřednictvím podpory institucionální a podpory účelové. V případě institucionální podpory jsou finanční prostředky poukázány přímo na účet instituce, podpora účelová je poskytována především prostřednictvím grantů, které daný projekt získá na základě soutěže. Projekty základního výzkumu hodnotí a účelovou formou z veřejných prostředků podporuje GAČR, státní podporu aplikovaného výzkumu a vývoje centralizuje TAČR.